Quando seu dante causa é um trisavô ou bisavô, você terá de lidar com documentos mais antigos, e isso é normal! Não é raro que seja mais difícil acessá-los.
A Pesquisa dos documentos é a parte mais importante do processo. O curioso é que temos a tendência de procurar somente nos cartórios, mas na maioria das vezes só os encontramos em paróquias e arquivos nacionais.
Isso não quer dizer que você não possa fazer sozinho! Apenas queremos que entenda: o processo de pesquisa junto com a análise documental são, além de cansativos, muito demorados.
A verdade é que não há um lugar certo para encontrar esses documentos. Atenha-se a consulados (pois podem te ajudar na busca), igrejas, cartórios e arquivos nacionais; ou seja, todo tipo de instituição que tinha o poder de identificar as pessoas na época.